San Giorgio delle Pertiche si trova in un'area pianeggiante ed è attraversata dal fiume Tergola e il torrente Muson dei Sassi.
Si trova in una posizione centrale nel cosidetto graticolo romano e il nome sembra risalire a questo periodo perchè "pertiche" era uno strumento usato dagli agrimensori per tracciare la centuriazione.
Il comune si trova in corrispondenza dell'intersezione di due antiche strade costruite in epoca romana: il cardo Sr307 denominata Via del Santo che collega Padova con Castelfranco Veneto e il decumano via Desman (Sp33).
C'è una seconda teoria che lega il nome a un'area cimiteriale dei Longobardi dove venivano issate le cosiddette pertiche, delle lunghe aste sormontate da immagini di uccelli usate per commemorare i defunti morti in luoghi lontani .
Tra il Cinque e il Seicento vennero intraprese una serie di opere idrauliche per regolamentare i corsi d'acqua della zona.
Nel comune sono presenti alcune ville Venete.
Le frazioni del Comune sono:
- Arsego
- Cocche
- Cavino
- Torre de Burri
- Bosco del Vescovo
- Guizze
- Anconetta
- Rizzo
- Caselle (o Casere)